Der MKS-Hilfsfonds ist aktuell mit rund 30 Millionen Euro ausgestattet. Mit den Mitteln sollen Milchgeldverluste der Milcherzeuger bei Ausbruch der Maul- und Klauenseuche (MKS) abgefedert werden. Er dient außerdem der Vorsorge, wenn bei Ausbreitung der Seuche die Milch im individuellen Seuchenfall nicht vermarktet werden kann.
Nach einer Mindestsperre von 14 Tagen wird der Milchgeldausfall vom 8. bis zum 50. Tag der Sperre durch den MKS-Hilfsfonds entschädigt. Die Höhe der Entschädigung errechnet sich aus den Durchschnittspreisen und den Liefermengen der vorangegangenen drei Monate. Gezahlt werden maximal 80% des errechneten Nettomilchpreises. Durch den Fonds begünstigt sind nur diejenigen Milcherzeuger, die regelmäßig Beiträge in den Bayerischen Milchförderungsfonds einbezahlt haben, bevor der Seuchen- bzw. Schadensfall eingetreten ist. Die bisher in den MKS-Hilfsfonds eingezahlten Mittel bleiben ungeschmälert für den Einsatz beim Auftreten von MKS erhalten.